此战过后，周军便在叶尔羌军中闻名开来，阿不都拉哈汗大为喜悦，他下令赏赐给吴应期和他的军队大量的金银珠宝和布匹，鼓励他们再接再厉，痛击夏军。
汗王对周军的赏赐引来了军中一些叶尔羌将领的嫉妒和不满，他们认为周军不过是逃难到叶尔羌汗国的难民，汗王仁慈收留了他们，他们为汗王作战是天经地义的事情，他们不配得到这些赏赐。
怀着这样的情绪，这些叶尔羌将领开始排挤周军，用汉人的语言嘲笑他们为「丧家之犬」，或是辱骂吴应期为伪信者，指责他这个汉人根本不了解，接受施洗完全是目的不纯。
不管叶尔羌军中如何排斥吴应期，这位曾经的皇帝都只是默默忍受着，他将自己心中的仇恨隐藏在暗处，默默将这些屈辱记下。
西域的战事一直持续到下半年才终于出现了进展，这个进展却不是因为夏军，而是来自于叶尔羌汗国的北方——准噶尔部。
准噶尔部在其台吉僧格的领导下于五月份最终平定了国内的叛军，僧格将那几个反对他的兄弟全部处以极刑，以此震慑国内其他对他心怀不敬的人。
随后，僧格并没有按照与沙俄的约定出兵漠北，攻打喀尔喀蒙古，而是将目光投向了天山以南的叶尔羌汗国。
准噶尔部与叶尔羌汗国的关系并不友好，在阿不都拉哈汗继位以后，就率领军队在巩乃斯草原击败了准噶尔部的军队，夺取伊犁河谷和巴尔KS湖一带，这份战败的耻辱准噶尔部没有忘记。
眼下叶尔羌汗国的大部分兵力都被调到了土鲁番与夏军交战，正是准噶尔部夺回失地的最好机会，僧格因此直接背弃了与沙俄的约定，亲自率领军队越过天山，攻入叶尔羌汗国。
准噶尔部的叛变打了阿不都拉哈汗一个措手不及，等到他得到这一噩耗时，准噶尔部的军队已经攻入土鲁番境内，并在土鲁番境内烧杀抢掠。
为此，阿不都拉哈汗险些气得吐血，当初就是沙俄使者信誓旦旦地保证准噶尔部会和他们站在同一条战线上对抗夏朝，他才会放心的将国内大部分军队调到东方攻打夏朝。
可现在，准噶尔部背叛了他们间接的联盟，威胁到了他的后方，让阿不都拉哈汗一下子陷入了进退两难的尴尬境地。
若是他将手中的军队分兵前去攻打准噶尔部，眼前的夏军肯定会抓住时机在苦峪将他击败，进而夺取土鲁番东部。
可若是他不理会准噶尔部，这些背信弃义的蒙古人肯定会将土鲁番搅得一团糟，甚至威胁他的后路，一旦从国内到苦峪的补给线被准噶尔部切断，他将和大军一块被葬送在这里。
经过一番痛苦的考虑后，阿不都拉哈汗最终还是决定保住自己的本土，他下令全军撤离，却让土鲁番阿奇木巴拜·伊卜喇伊木率军固守苦峪，尽量抵挡夏军西进的步伐。
巴拜·伊卜喇伊木也知道一旦让夏军突破这里继续前进，他统治的土鲁番很有可能被夏军夺走，因此他决心坚守这座古老的城市，保卫自己的领地。
最终，在七月初一日的这个炎热的晚上，阿不都拉哈汗趁着夜色的掩护率领大军撤离苦峪，向西部准噶尔部肆虐的方向疾驰而去，他满怀怒火，发誓一定要粉碎那些背信弃义的蒙古人，就像是十多年前在巩乃斯草原的那场决定性的战役一样。
为了能够彻底击溃准噶尔部，他思考再三，还是将吴应期和他麾下的周军一同带上，希望能够凭借强大的周军减少在与准噶尔军队交战中的伤亡。
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