最终荷兰人终于坚持不住，主动开始撤出战场，大中朝海军得理不饶人，对荷兰人发动了追击，一直追到了深夜，荷兰人又损失了四条大型武装商船之后，才得以脱离了大中朝海军，逃回了巴达维亚。
但是没成想中国舰队的年轻指挥官郑森，在获得海战的胜利之后，却得理不饶人，并未就此率领船队撤回巴淡港休整，而是令受损比较重的船只先行返航巴淡港，其余的船只在他的旗舰率领下，居然愣是追到了巴达维亚港。
郑森这个家伙胆大妄为，在没有得到朝廷的准许之下，悍然率领船队抵达了巴达维亚港之后，指挥船队一字排开，先是猛烈炮击巴达维亚港的码头，将好不容易逃回这里的十余条荷兰船只打的是千疮百孔，纷纷挂起白旗宣布投降。
之后郑森便指挥船队开始炮击岸边的炮台，接连摧毁了数座荷兰人在海边的炮台，进而令船队靠近海岸，开始对巴达维亚城进行了长达一昼夜的猛烈炮击。
巴达维亚城只能在大中军舰炮的炮火之中战栗，城内的荷兰人各个都心惊胆战，惶惶如同丧家之犬一般。
最终实在是经受不起大中军舰队的猛烈炮击，巴达维亚总督居然决定投降，派人打出白旗走到海边，要求和大中军舰队指挥官进行谈判。
郑森本来是没有想到要攻占巴达维亚的，他率领舰队过来，主要目的是对荷兰人进行惩戒，使之今后不敢再动马六甲海峡的主意，但是没成想荷兰人居然这么不耐揍，一通炮击居然便打出了白旗。
这个时候郑森率领的船队其实已经是外强中干了，他们先是进行了一场大规模的海战，接着炮击码头和炮台，进而又炮击巴达维亚城，船上所携带的弹药其实已经告罄，本来郑森已经准备下令掉头返回巴淡港补充弹药了，可是没成想在这个时候，荷兰人居然打出白旗投降了！
这一下郑森可就高兴坏了，当即下令停止撤离行动，派出船只赶回巴淡港招呼那里的商船立即朝巴达维亚港运送弹药补给，而他则率领船队抛锚在港口外面，继续摆出一副不投降就继续炮击的架势。
然后郑森派出小船将巴达维亚总督接到了他的旗舰上面，双方随即展开了一场谈判，巴达维亚总督可不知道这个年轻的中国船队司令官，是擅自行动的，于是便请郑森提出条件。
郑森思量之后，于是便贸然提出，令荷兰人撤出巴达维亚，将巴达维亚交给大中朝，并且令荷兰人承认马六甲王国的地位，同时还要将荷兰人夺自葡萄牙人之手的婆罗洲也交出来。
巴达维亚总督无奈之下，只能答应了郑森的要求，但是他提出来，他们可以撤走，但是要求大中朝准许他们在巴达维亚保留一个商馆，作为他们在这一带的商业贸易场所，同时请郑森允许他们修好船之后，再离开这里，否则的话他们是无法乘坐这些被打烂的破船驶回到他们在印度的加勒的。
郑森没想到荷兰人答应的这么痛快，于是当即也答应了荷兰人的请求，准许荷兰人修理船只之后再撤离巴达维亚城。
至此荷兰人的东印度公司，在经历了台湾之战和廖内海战以及巴达维亚港之战之后，公司旗下拥有的四十多条战船，和一百五十多条武装货船，基本上已经损失了一大半，实质上已经濒临破产，早已无力再在南海和大中朝进行对抗了。
而这个时候荷兰人虽然海上实力还很强大，但是荷兰人在这段时间，和英国人之间正在大西洋上争夺霸权，即便是知道了东印度公司的事情，也无力抽出更多的战船，来亚洲和大中朝交战。
所以郑森误打误撞之下，居然一下便将荷兰东印度公司，从南洋一带清除了出去，赶回到了锡兰的加勒，彻底控制住了南中国海。
但是郑森毕竟不是按照原定计划行动的，虽然取得了大胜，但是他手头上却没有多少可以占领巴达维亚的军队，他总不能把船上的水兵都全部调到陆上去，对巴达维亚进行占领吧！
在谈判结束之后，他一边让各船先抽调三分之一的水兵登陆，组成接受军，接管巴达维亚城重要的地点，一边赶忙派人赶往马六甲和巴淡港调那里的陆师守军，来帮忙接收巴达维亚。
另外他也想起来，这次他把事情闹大了，国内还不知道这边发生的事情，于是又连忙派快船返回国内通知朝廷这边的情况，请朝廷立即派兵增援，来接管荷兰人在婆罗洲和爪哇一带的城堡村镇，建立这边的统治。
当两个多月之后，郑森攻占巴达维亚的消息传到北京城的时候，肖天健看着郑森呈报上来的这份战报，以及他和荷兰人谈判的结果，真是又惊又喜，另外还有点哭笑不得。
本来他这次派兵攻打马六甲，暂时并没有想过，趁机马上便将巴达维亚也打下来，将荷兰人从南洋一带逐离，但是没成想郑森这个家伙，却胆子大的包住了身子，居然拿下马六甲还不知足，进而又率领船队擅自跑到巴达维亚，去炮轰巴达维亚城。
结果是一通乱炮之下，荷兰人在巴达维亚的总督大人，居然当场尿了裤子，直接宣布了投降，这下倒好，突然间整个南洋一带，都成了他大中朝的地盘了。
内阁得知了这个消息之后，也是有点哭笑不得，不知道是该嘉奖郑森这个家伙，还是该将这个擅作主张的家伙抓回来问罪的好了！
这突然间的变故，让所有人都有点措手不及，于是内阁和肖天健连夜进行商议布置，马上下令增派船只，装运一个东南军区的步兵师从宁波府直接登船出发，前往巴达维亚接管当地的防务。
对于郑森的越权行事，肖天健并未给予斥责，而是相反力排众议，下旨对郑森以及参战海军将士进行嘉勉，同时宣布在此次南海之战派遣舰队的基础上成立南洋舰队，升任郑森为南洋舰队的司令长官，舰队司令部将常驻于巴达维亚港，舰队则分别进驻马六甲、巴淡港和巴达维亚三地，负责对南洋水域进行管理和统治，授予郑森为三等定海伯，以示对于此次他指挥攻克马六甲和巴达维亚的奖励。
（今日特别鸣谢skydiou朋友的打赏！另外告诉大家一个悲催的消息，原定于这本书完结上传新书的计划搁浅了！纵横总编对我的新书再一次提出修改意见，恐怕还要好事多磨！估计是纵横的老大们对我的期待太高，所以这本新书有点难产！不过相信一次次的琢磨之后，新书质量不会太差！现在纵横老大们的意见是让我月底开始上传新书！所以恐怕赶不上老书完本了！）
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