虽然郑芝龙依靠着独霸南洋的优势，可以从荷兰人和葡萄牙人以及西班牙人手中购买来大炮以及火铳，但是却还是无法于大中军相抗衡，跟大中军交手，丝毫在火器上占不了一点便宜，郑芝龙这个时候便已经开始担心了。
因为他知道，大中朝时下是气候已成，随着建奴被大中军打残退回辽东之后，大中朝已经暂时没有了后顾之忧，接下来大批大中军精锐，便会朝南集结，虽然陕西还有一个闯贼李自成在跟大中军作对，但是到了过年之前，从陕西传来了消息，说李自成跟大中军的交手，可以说是一败涂地，连他大顺的国都西安府也被大中军给夺了去，逼得李自成逃向了汉中，李自成已经无法牵制大中朝多少实力了。
如此一来，大中朝便有足够的精锐兵马，调往南方，接下来进攻福建和两广就只是时间的问题，如果不出意料的话，大中军最迟在三月前，便会大举兴兵发动猛攻，到时候他们两个南明小朝廷还能生存下去吗？
郑芝龙其实也非常清楚南方两个小朝廷这个时候，不能再闹下去了，他们必须要团结起来，还可能和大中朝对抗一下，但是眼下的问题是，绍武和永历两个小朝廷谁也不肯服软，即便是他愿意这个时候，放弃支持绍武帝，转而支持永历，但是几个月的对抗下来，他郑家已经早已将永历朝给得罪到死了，即便是他服软，永历帝会给他好脸吗？
现在郑芝龙最大的烦心事就是来自大中朝那边对他的劝降了，大中皇帝肖天健派出了明朝大臣钱谦益，亲自南下来到了福建，带来了一封肖天健的亲笔信，这封信之中，肖天健力陈了明朝的暗弱和腐朽，并且在信中对郑芝龙阐明，他们皆为汉人，不该如此再自相残杀下去了，国家必将一统，不管他们这些人如何抗拒，也改变不了这个现实，至多也就是拖延一下南明小朝廷的覆灭时日罢了，这么做只能徒增伤亡，空耗汉人的国力。
而且肖天健告诉郑芝龙，现如今作为中国人，他们最应该先考虑的就是北上辽东，尽快的将建奴这个汉人的心腹之患彻底的从辽东土地上清除掉，还天下百姓一个太平。
另外肖天健还在给郑芝龙的信中，阐明了他对于海商的意见，告诉郑芝龙，他的大中朝绝不会再效仿前明，行封海之事，准许海商出海行商，并且还将对海商进行鼓励支持。
对于他们郑家，肖天健也表示十分钦佩，因为肖天健知道很多他们郑家的事情，他们郑家虽然曾经为盗，但是后来接受招抚之后，却为中国人做了很多事情，维护了南洋中国海商的权益，这一点肖天健对郑芝龙表示赞赏，并且保证，只要郑芝龙率领郑家归顺大中朝，那么他可以保证郑氏族人的安全，绝不会加以迫害，更不会抄没郑家家产，保证郑家的商业利益，同时可以封郑芝龙靖海公，希望郑芝龙能以民族大义为先，不要再兴兵和大中朝为敌。
甚至于肖天健还保证，如果郑芝龙投顺大中朝的话，连绍武帝他都可以保证不杀。
肖天健的这封信这句话对于郑芝龙的打动很大，特别是有关禁海的问题，让郑芝龙颇为心动，再加上钱谦益此行来到福建之后，也力劝郑芝龙不要继续再与大中朝为敌，还是速速投顺大中朝为妙，再加上他提起了诸多大明前朝名臣，现如今都已经转而为大中朝效命，肖天健乃是一代明君，绝不会食言而肥，事后对郑家不利。
郑芝龙对此更是心动了起来，因为事情在哪儿放着，前朝的重臣之中，比如卢象升、丁启睿、孙传庭、吕维祺等等，现如今都被肖天健重用，并未因为他们曾经和肖天健为敌，便被肖天健追究，相反还委以重任信任有加，所以肖天健说不会事后追究郑家曾经与他为敌，这话他郑芝龙是相信的。
所以在见到了肖天健这封信，和听罢了钱谦益的规劝之后，郑芝龙其实已经开始动摇了起来，不想再与大中朝为敌了，毕竟他和其他大明的死忠不同，之前他就不是什么朝廷命官，而且最初也是跟大明朝廷为敌之人，只不过是后来接受了熊文灿的招抚，故此对大明也谈不上什么忠诚，之所以跟着在福建拥立绍武帝，其实还是因为他生怕大中朝攻下福建之后，对他们郑氏家族不利，抄没他们郑家的家产，所以他才会选择跟大中朝为敌。
现如今既然大中皇帝已经明确表态，在他投顺之后，对他们郑家之前所做既往不咎，保留他们郑家家产，还保证他们海上行商的权力，那么他们便没有理由，继续跟大中朝死磕到底，最终落得一个跟着明朝殉葬的下场。
在郑芝龙看来，他们郑家的根基还在陆上，如果大中朝攻占了福建，他们倒是可以带着船队退守澎湖，甚至于可以抢了被荷兰人所占的东蕃（台湾），但是他们毕竟却还是要以海上行商为生，澎湖和台湾可供他们使用的资源相当有限，虽然现如今他们的水师可以在大海上称雄，但是他也看出这个大中皇帝肖天健乃是有雄才大略之人，这仅从他可以短短数年时间，便平定北方并且推翻大明王朝这些事情上，就能看出来，此人肯定不是好对付的。
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