秦良玉白杆兵一败，整个重庆府的军心顿时大衰，李栓柱率部猛攻重庆府通远门，邵捷春恐慌之下，下令死守重庆府，守军无奈之下，只能在通远门一带死守，李栓柱猛攻通远门数日不克，气的李栓柱站在城外直骂娘，眼看守军在城门和城墙上矢石俱下，使得他麾下的兵将屡攻屡挫，而重庆府城城墙基本上都是以条石垒筑而成，异常高大坚固，炮轰也无法轰塌城墙，接着天又降下大雨，使得攻城不得不停止了下来。
所以三月间李栓柱在重庆府城外顿足不前，整整大半个月时间都未能破城，直至肖天健领兵北伐之后的三月底，李栓柱才利用火药炸塌了一小段通远门一带的城墙，率部攻入到了重庆府城中。
邵捷春这个巡抚一听说通远门被破，便立即带着家丁从城西水门乘船逃出了重庆府，逃往了成都府，但是城中瑞王和许多官吏却没有能逃走，大部分被李栓柱率兵俘获。
说起来这个瑞王朱常浩也是倒霉孩子，他本来是被封在汉中的，而他的瑞王府本来也在汉中，修的是极尽奢华，可是没成想前两年汉中却被李自成夺占，朱常浩于是仓皇从汉中逃窜，一溜烟的入川，跑到了重庆府之中，这两年便留在了重庆府，现如今重庆府却又被大中军攻破，结果他这个瑞王也算是当到头了，被李栓柱给抓了个活的。
李栓柱抓住瑞王之后，得知这厮在重庆府城中这两年作威作福，凭着他的身份在重庆府城内外欺行霸市，欺男霸女，没少干坏事，当地官府因为他是王爷，拿他也没有办法，现如今落在他的手中，李栓柱自然不给他客气，当即便将瑞王剁了脑袋，挂在了通远门城楼之上。
不过对于重庆府城中的百姓，大中军一如既往的军纪严明，对普通百姓秋毫无犯，很快便赢得了重庆府城内外的民心。
传说历史上张献忠攻下重庆府的时候，凶性大发，不但杀了瑞王，还杀了四川巡抚以及城内所有官吏，就连城中百姓也不放过，来了一场大屠杀，即便是活着的人，也斩去他们的右手，这件事不知道是不是真的，但是大中军到了重庆府之后，这里的百姓却并没有遭到任何祸害，李栓柱入城直呼，相反按照刑天军的旧例，先是开仓放赈，解决了城内外百姓吃饭的问题，进而才派宪兵对城中一些豪绅勋贵以及官吏的家进行抄没，起获了大批的财物粮食，满足了他们大军的需求。
四月初李栓柱再次率兵出重庆府，开始攻向了成都府，在北方三路北伐大军正高歌猛进期间，李栓柱在四月底的时候又一次攻克了成都府，将四川巡抚邵捷春给擒拿了起来。
邵捷春这个四川巡抚也就此当到头了，历史上邵捷春因为没有能挡住张献忠入川，被朝廷给抓起来逮问，邵捷春自知无法逃过一刀，便在狱中仰药而死！但是在这个时代，邵捷春也算是彻底尽忠到底了，被李栓柱抓住之后，大骂不降，最终被李栓柱一怒之下砍去了脑袋。
至此四川基本上便被大中军控制了大半，接下来李栓柱便开始逐步的对四川北部进行清剿，逐步的将一座座州府县城给攻克下来，至天元元年十月间的时候，李栓柱基本上已经将四川全境给大部收入了囊中。
至于大明镇东将军秦良玉，在重庆府兵败之后，便带领残部撤回了石柱老家，对于她这些土家人，李栓柱也按照肖天健的意见，对其采取怀柔政策，不发兵侵入他们生活的领地之中，并代表大中朝，承认他们的地位，并且派人为其送去了大中朝新颁发给秦良玉的告身，继续任命秦良玉为土司，并且保留大明给予她的封号，一切待遇从旧。
秦良玉对大明很是忠诚，拒绝接受大中朝给予她的告身，但是考虑到族人之后的生存，而且她也了解了大中军的可怕，所以在重庆府被破之后，她也没有继续再率兵出战，和大中军为敌，两方就这么暂时互不侵犯，使得四川境内的土家人渐渐的安抚了下去。
对于秦良玉这个大明朝著名的女将军女英雄，肖天健给予她了极大的尊重，重庆之战之后，打扫战场的时候，李栓柱奉旨对于战死战伤的白杆兵也给予了优待，伤者给予妥善的照料和救治，死者则收殓其尸体，派人让其家人前来收尸运回家中安葬，并且为其提供棺材和通行上的便利，这些举措都使得土家人没有了继续和大中朝为敌的欲望，也没有人想跟着大明朝一起殉葬了，虽然秦良玉对大明忠心耿耿，但是重庆一战大败之后，她麾下的白杆兵损失惨重，族中大部分人不愿意再跟刑天军为敌，而她在返回老家之后，也生了一场大病，故此替大明讨伐刑天军之事，也就不了了之了。
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