而万历要做的，便是安静的听大臣们汇报，然后不停的准奏……因为按照‘陈五事疏’后定下的国策，他不能压住大臣的奏章，当然他也可以不准，并提出自己的意见，但那意味着否定了各部院、内阁、乃至全体大臣的意见，他必须拿出充足的理由，摆事实、讲道理，使被否定的人心服。
但讲道理是大臣的专长，辩论一百次，皇帝也不可能赢一次。因为他的年龄、学识、经验乃至权谋，都全方位的不敌于那些历经三朝，精明的如妖孽般的大臣。
万历一直很困惑，大臣们明明把‘圣心读才’、‘乾纲独断’挂在嘴上，自己这个皇帝却为何什么都做不了主？原先他以为，那是因为自己还小，不够资格担当国务的缘故。但大婚之后已经数月，还是没有任何改观……早朝依然是走形式，所有的奏对都是程式化的。
随着年龄和阅历的增长。敏感的万历皇帝，自然能感觉出，这种可怕的程式化，严重削弱了自己的权威。那次严重的冲突之后，他渐渐意识到，大臣们所需要的，只是一个个姓平淡的皇帝，作为天命的代表，其任务就是演练各种礼仪，作为政斧合法的象征，也就是代表天命。说白了，就是皇帝最好毫无主见，才能更好的代表天命……就像他的曾叔祖弘治皇帝，父亲隆庆皇帝，越是谦抑温和、听凭大臣们的摆布，大臣们便越是称颂他为有道明君，并希望后世皇帝以他为榜样。
原来所谓的‘亲政’，其实是‘亲争’，就算你是皇帝，也得撸起袖子来，露出后槽牙的全力去争，大臣们从来不会把权力主动奉还……万历不想像自己的父皇那样，成为一尊高踞金台的泥塑，他认为那是被绑架的皇帝；他更希望像祖父那样权掌天下、随心所欲，他认为这才是真正的皇帝。为了达到这一目的，他曾经在大婚之前，便用强留张居正，和廷杖胆敢反对言官，向文官展示自己的铁腕……朕已经长大了，成为一个迥异于先帝那样的皇帝，你们最好放聪明点！
事后万历反思那一次的教训，他开始后悔那次听了张四维的话，用罪己诏结束了那场纷争，他觉着自己应该再强硬一些……像自己的祖父那样，把所有不肯听话的大臣，管他一百还是二百人，统统廷杖，然后都赶出京城去！那样才能天下太平……然而像上次那样的轩然大波，毕竟是多年不遇的，绝大多数时候，朝堂上还是死水微澜的……尤其是张居正去后，最大的不安定因素不存在了，首辅沈默开始用温和的手段，安抚被张居正整得死去活来的朝廷和地方官员，比如将考成法的考核标准，从完成九成减为八成；对没完成任务的官员，他也再给一年的观察期，再次完不成，才会处罚。
如此种种，使首辅大人宽仁的名声达到了顶点，百官也从张居正的高压下松过气来，俯首称颂还来不及，又怎会给他找麻烦？
没有机会举起大棒，万历想要拿回权力，就太吃力了。公平公道的说，他确实是个早熟的君主，无论是先天的聪明才智，还是后天得到的教育，都要超过他的父亲。所以为了争回自己的权力，他可谓下了很多苦功夫……为了以高贵的仪表，给臣僚们以深刻的印象，让他们认识到君主的成熟。万历特意向戏剧演员学习了发声，并按照太祖皇帝制定的礼仪，要求自己的行为举止。他的坐姿端庄威严，动作优雅沉稳，神情泰然自若，声音发自丹田，深沉有力，并有余音袅袅……果然令不少大臣称颂他是少年英主。
为了能加重权威，他每天都要亲自批阅奏章。奏章大体分为两种，一种是各部院以本衙门的名义，呈送的‘题本’，上面的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。另一种则是京官以个人名义，呈送的称为‘奏本’。上面呈奏的事项，十有八九是本职之外的。比如夺情事件中，上疏的吴中行和赵永贤是翰林官，艾穆和沈思孝乃刑部司法官员，邹元标更是通政司的观政，这些人上的就是‘奏本’。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级。
而且按照规矩，如果认为事态紧急，或者奏本会被通政司扣下，呈奏者可以自己送到午门，由管门太监接受，然后直送御前。因此奏本的内容，在皇帝看到，并送内阁票拟之前，百官是无从知悉的。所以引起震动的本章，往往属于这一类。
杨继盛弹劾严嵩十大歼，沈炼弹劾严嵩，海瑞的《治安疏》，乃至吴中行等人的奏疏，无一例外属于这种情况。
虽然皇帝不能直接在奏本上批示，而是要在内阁出票之后，再酌情照票批红，但是万历还是很认真的阅看这类奏本。因为他坚信，偌大一个大明朝，这么多事情这么多人，不可能没有不平之事、不平之人，他要做的，就是把这些不平人、不平事找出来，亮明了。一来可以显示自己火眼如炬、明察秋毫，更重要的是，要给内阁找麻烦！
准确说，是找沈默的麻烦。
皇帝的思路很清晰，他知道沈默经营二十年，党羽门徒遍布两京十三省，有道是林子大什么鸟都有，他就不信这么多沈党中人，就都那么省心，没有一个给沈默招风惹雨的。
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