崇祯十六年的一月，孙元和马士英几乎都是在凤阳度过的。
经历过几个月的血战，宁乡军还好些，庐凤、南京两军可谓是疲倦透了，只能长时间的休整。
等到部队稍微恢复，李自成那边的战局又有新消息传来。去年十二月，李自成率部连克襄阳、荆门等地，拿下了湖北长江以北地区，最近又开始进攻承天、汉阳等地。
湖广熟，天下足，此地方很是富庶，闯军得到了壮大。李自成依旧依如去年在河南一样，每攻下一地便不再放弃，而是设置政权派遣官吏，进行管理。同时，闯军的军纪也比以前好上许多，他严禁部下抢掠，更不滥杀，所颁的公文上写道：杀一人者如杀我父，淫一女者如淫我母亲。
开始同大明朝争夺起了人心。
实际上，明朝因为苛捐杂税和赈灾不利，除了江南，其他地区也谈不上什么人心了。
对于李自成攻略湖北，朝廷手头已经没有任何一支拿得出手的野战军团，只能眼睁睁地看着李自成和张献忠在湖广、四川纵横驰骋。
国内局势烂成这样倒也罢了，对外战事更是束手无策。
松锦大败耗尽了明朝的最后一丝元气，此战之后，九边已无可用之兵。明朝和满清的边界线如同虚设，建奴已经到了想来就来，想走就走的地步。如果他们真的想灭掉明朝，也是一件很容易的事情。
可这一时期皇太极好象还没有强烈的入主中原的愿望，不是他不想，实在是不能。因为整个中国北方已经彻底糜烂，对于治理一个破烂的庞大帝国，满清贵族还没有任何思想准备。而且，就算现在拿下京畿地区，为了稳固统治，得长时间的输血。老实说，满清毕竟是小国，并不太富裕。而且，入主中原那可是要自掏腰包管理这个国家的，那比得上现在直接抢劫老朱家来得爽快。
鉴于满清上层对问鼎中原毫无兴趣，松锦之战后，皇太极还是决定和明朝议和。提出的条件是两国平等，遣返对方逃人。明朝每年给建州金万两、银一百万两，清则报之以人参、貂皮。双方以目前实际占领去为分界，重新勘定国界，永不再战。
抛开民族情感来看，其实这个条件还是可以接受的。毕竟，现在的明朝实在太虚弱，太需要腾出手来先解决国内问题了。
崇祯皇帝本就精明，自然是肯的。不过，他却顾及着朝廷官员的看法，毕竟这事对百官二言，简直就是宋金和议的翻版。
所以，这个和议草案被他们知道之后，群情汹涌，朝野哗然。
得皇帝密令悄悄主持和议的兵部尚书陈新甲顿时成了众矢之的，崇祯皇帝为了保全自己的面子和尊严，矢口否认和谈一事，并下令逮捕陈新甲。
九月二十二日，陈新甲被斩首于西市。
和谈无望，为了报复，皇太极决定报复明朝。
去年十月，皇太极任命多罗余饶贝勒阿巴泰为奉命大将军，于内大臣图尔格率满、蒙八旗和各汉军入侵明朝。
这一回，明朝已经无兵可用，甚至连象样的抵抗也没有。
清兵在京畿和山东如入无人之境，先后攻陷兖州、顺德、河间三府，以及十八州、六十七县，共八十八城，降一州五县功绩六城。鲁王、乐陵、阳信、东原、安丘、滋阳诸王遇难，府州县官死难者十余人。被俘人口三十六万余，牲口三十二万口，被缴黄金一万两、白银计两百万两。
就在孙元从开封撤兵回凤阳休整的时候，清兵主力还在河北、山东劫掠。
孙元甚至还动过是不是带兵过黄河和建奴作战的心思，可他很快就打消了这个念头。
一来，部队还要在开封赈济百姓，修筑河堤坝；二是，周围都是泽国，根本就没有后勤可言，只要部队一过黄河，走不了两天就会饿得走不动。至于以兵就食，河北全是建奴，地方已染残破，根本就得不到任何补充；第三，他和马士英这次出兵，可以说将整个南京的兵力都等抽调一空。如今，南京已经空虚。南京乃是大明朝的财赋重地，若这里有个三长两短，那才是彻底没希望了。
之所以退兵凤阳，最重要的原因是张献忠来安徽了。
就在李自成正忙着攻击略襄阳，准备建立政权的时候，张献忠已经在安徽潜山天堂寨山区扎下根来了。并乘孙元和马士英北上讨伐刘超，将南京地区的部队和粮秣抽调尽数带走的时机，跃跃欲试，有东犯的架势。
南京大震，兵部急令庐州总兵黄得功和寿州的总兵官刘良佐率兵攻打潜山地区。
这两支部队根本就没有任何战斗力，如何是张献忠的对手，一开始很吃了些败仗。不过，张献盅手下的革左五营见李自成在河南干得不错，前途一片光明，竟率部离开八大王投奔李自成去了。
革左五营的离去让张献忠措手不及，实力受损很大。于是，在安徽西南部战场采取了守势，和黄得功、刘良佐对峙。
马士英和孙元这次回师，主要任务是参加安徽西南战事，击退张献忠部。
在凤阳休整了十来天之后，大军又开始再次南下。
孙元和马士英的计划是，大军用半个月时间先开到桐城，然后驻军安庆这个战略要点，先扼守住南京西面的门户，伺机与张献忠决战。
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