因为抚恤一事，几乎各镇兵马都有将领被查，朱慈烺趁机名正言顺的从应龙军当中抽调了一部分人安插各镇，同时，朱慈烺还打算做一次全国性的军制革新，已期真正彻底掌控全国兵马。
此次参与徐州血战后能回来的兵马一共，连应龙军士兵在内，一共六万多人，除了几千郑家的泉州军外，朱慈烺将另外六万人全部收编并入应龙军当中，这些人都是血战余生的精锐，并入应龙军没有辱没他们，也没有辱没应龙军，自此，应龙军每个军都恢复到了一万人。
由于国库空虚，应龙军六个军都暂编一万人。
原先，大明军队以卫所为主要制度，全国要地设立卫所，军丁世代相继，给养仰赖屯田，将兵闲时为农，战时为兵，这样很不好，虽然每年都能节省不少军费开支，但也导致大明军队除了洪武和永乐两代还颇有战斗力外，其后战斗力一代比一代弱，武备废弛。
朱慈烺一直就对大明现有的军制非常不满，要不是前一年他刚登基，不仅要稳定朝纲，还要平定内乱和抵御满清等外敌，环境不允许，害怕改革产生的动荡会被敌军所趁，所以他才不得不一直忍着。
如今满清元气大伤，李自成形同丧家之犬，张献忠被秦良玉死死的拖在四川，数年内大明都无内忧外患，这样难得的良机，朱慈烺当即就下了心思，是时候进行军制改革了。
随即，除了四川以及河南这两个特殊的地方暂时保持原状外，朱慈烺打算下旨全面取消卫所制度，改为募兵制，并设立常备军，将常备军和维护治安的各地守军分开。
常备军仍然命名为常备军，维护各地治安的守军则叫做‘守备军’，形同预备役。
常备军贵在精而不再多，以应龙军为例，朱慈烺下旨设立十二个常备军。火器精贵，所以除了第一到第六军为全火器配置的最精锐应龙军，第七军到第十二军为仍然用冷兵器的普通明军。
每个军满编为两万人，十二个常备军若是全部满编的话，为二十四人，守备军按照各县府所需的安保配置，一共为十八个军，约三十六万人，届时，全国兵马将达到六十万。
不过因为徐州之战各地都被抽调了不少兵马，血战余生的又都被留在了六个应龙军内。改编之后，常备军和守备军都不会满员，大约每个军暂编一万人，加在一起也就近三十万人的样子，待来年国库充裕之后，各军才会慢慢满配。
朱慈烺只在私下召见了李岩和钱不缺一次后，次日，由钱不缺把朱慈烺想法在朝堂上提出来。
立刻引起满朝文武的震惊，一个个把目光投向钱不缺。
“嗯，不错，钱不缺此想法甚合朕意，朕觉得可行！”
“皇上英明，圣明之光照耀大地，乃大明福音，臣拜服，臣代表所有百官支持皇上！”朱慈烺话音一落，钱不缺立刻表现出一副大喜过望的模样道。
“臣---附议！”李岩也走了出来，表示支持。
这个时候，马士英等人才从震惊当中反应过来，刚才他们没有听错，皇上这是打算募改祖制！
马士英等人看都没看提出来的钱不缺一眼，因为钱不缺一直都是贪生怕死见风使陀的代表，满朝文武都心照不宣的清楚，钱不缺不过是皇上在朝堂上的代言人，每次提出的任何东西，都必然是经过皇上示意的，所以他们直接面向朱慈烺。
“皇上，取消卫所等都涉及太祖皇帝定下的祖制，祖制不可违，老臣绝不同意！”马士英老脸潮红，是被气的。
别看马士英当上首辅之后一直很老实，对朱慈烺的许多举措就算不明确表态支持，但也几乎从不反对，跟一个摆设一般，但到底是一个老家伙，在某些方面极为刻板，这一次朱慈烺的打算触及到了他的底线，所以他立刻出言阻止！
“首辅大人，你这是在质疑皇上的英明，不是臣子所为啊！”钱不缺毫不犹豫的出言顶撞，********朱慈烺的决策。
从一开始钱不缺就很清楚自己的位置，过了这么久，他早就知道了，皇上以前之所以不杀他，就是因为他听话和怕死，他钱不缺就是皇上在朝堂上的代言人，把皇上不方便说的话说出来，帮皇上试探朝臣的火力，做皇上的马前卒。
对此，钱不缺没有任何不适，反而觉得极为光荣，钱不缺不怕得罪任何人，他认为，身为臣子，只有终于皇上才是最有前途，只要把皇上哄高兴了，抱紧皇上的大腿，任何人都不能把他怎么样。
“你不过是一个小小的御史，有什么资格出言顶撞本首辅，以我看，定然是你唆使皇上，妄动祖制，是对历代先祖的不敬，乃不忠不义之举，微臣恳请皇上，将这奸逆贼子推出午门斩首示众，以儆效尤！”马士英当即指着钱不缺大骂，同时还愤怒莫名的也瞪了李岩一眼，觉得就是这两个人私下唆使，才让皇上出现这种要募改祖制的想法。
虽然马士英等人都很清楚，这件事情必然是皇上自己要做的，不是李岩和钱不缺唆使的，但皇上是皇上，加上又不是皇上亲口提出来的，他身为臣子不可能直接质疑皇上，只能把火气出在钱不缺和李岩身上。
李岩倒是沉默，没有任何回应，但支持的态度很坚定。
李岩本就是反贼出身，跟李自成的时候就以推翻大明为主要目的，对大明的所谓祖制从心底里就没有任何感觉，他原先之所以放弃李自成，除了对李自成失望之外，便是因为心服当今皇上，觉得当今皇上乃圣明之主，必然能重新平定天下，他很清楚皇上这番改革军制，乃万利之举，必能提高大明军队的战斗力，哪怕粉身碎骨他也必然全力支持。
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