那么哥伦布大交换的合理性又在哪里呢？我们知道了许多物种在不同地域的分别进化会产生差异性，比如橘在淮南为橘淮北为枳。古稷，美洲玉米，现代选种甜玉米其实也是不完全相同的。亚洲棉，长绒棉/现代辣椒，吴椒，都存在类似情况。
美洲物种反入侵，淘汰旧世界物种这种现象是存在的。造成这种现象，必然有其科学的原因。
一，物竞天择，适者生存。美洲物种在人类介入较少，物种竞争不激烈的情况下自然淘汰繁衍，形成了与其他地区略有差异的物种群。而且因为其地大物博，美洲作物通常相较旧世界物种个大高产，有一定竞争优势，这是事实。
二，西方征服者在大航海时代将欧洲，美洲的物种带向了世界。而亚洲作物，除了极少数有压倒性优势的物种，由于文化弱势，只能固守原地。文化输出的方向是从欧美推向全世界。
三，育种学，选种学，基因学等现代科学在西方首先进行了科学归纳，许多人工择优培育的物种都是在美洲物种的基础上改良过来的。这其中最有代表性的，就是甜玉米。
这三点是对“哥伦布大交换”的诠释与认同。同时，我们也应该清醒的认识到，“哥伦布大交换”不是排他的。并不能因为物种进入了在西方学者所列物种交换清单范围，就认定其不可能在古代中国出现。我们可能没有象现代土豆一样，及高产又好吃，还耐病虫害的优质物种。是，古代不可能有现代育种产物，美洲古代一样没有。但我们有或高产，或美味的块根作物，见前文引《齐民要术》。凡是脱离文献学和考古学，只知道用“哥伦布大交换”来吹毛求疵的，一律都属于愤青耍流氓，尽管有时一些公知学者也无法免俗。
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