【Part 1 崩坏国记·零】
故事要从崩坏国记零开始说起，当时天命教国和海盗联邦尚未建成，天下都归煌帝国所有。但至阴异兽阎罗和混沌异兽无相的出世给帝国带来了沉重的打击，不仅损耗了大量精锐兵力，甚至牺牲了先皇，只留下当时还是皇太孙的观星。
精通万千知识的观星算到还有一只至阳异兽祸斗尚未登场，因此决定离开国都煌月城，前往海底祭坛利用地势将其封印。同时二皇子琪亚娜身边的少傅胡狼一直想谋权篡位，将军幽兰也对王储出逃表示不满，宰相丽塔则必须尽快将观星带回去稳定朝堂，崩坏国记零由此开始。
如果放任事情自然发展，观星第一天就会死在森林中，未来也会随之崩溃。所以在未来观星的指引和人偶小特的帮助下，未来舰长通过意识映射（灵魂夺舍普通路人）前往过去，以刺客先生的身份保护观星。
观星一路上布置阵眼、击退敌人、和二皇子里应外合拿下叛贼、并重新取得将军的信任，最终在众人的帮助下成功将祸斗封印在海底祭坛，同时也无意间启动了万能许愿机格雷姆。
她许下了让煌帝国永久太平的愿望，格雷姆为此赐予观星丽塔不老之身。此时完成任务的舰长解除意识映射回到未来，耗尽能源的小特则留在观星身边，崩坏国记零到此结束。
身为初代圣贤王的观星耗费了近六十年的时间统一天下，同时在游历帝国的途中布下护国大阵。到了帝国历72年，她发现祸斗的封印有所减弱，必须亲自坐镇海底祭坛来加固，加上她本人更喜欢科学研究而非治理国家，就将煌帝国的大权交给了宰相丽塔。
丽塔为煌帝国维持了九百多年的和平，然而天下合久必分，天命侯于帝国历937年谋反，成立希克扎尔教国；蓝海海盗则于帝国历991年偷袭，结成耶梦加得联邦。
三足鼎立的局面形成后，观星找到格雷姆的传说逐渐在世间流传。帝国1000年，海底祭坛重现世间，崩坏国记由此开始。
【Part 2 崩坏国记】
作为煌国国君的观星当然不能将国家置于危险中，这些年来她一直在研究小特，试图破解舰长当初穿越的秘密，最终制造了劣化版的传送阵。原本打算用它召唤舰长解决纷争，却因扰乱时空而召来了阿琳双子。
双子很幸运的掉在了祭坛附近，三国战争结束后，萝莎莉亚成功找到格雷姆，却许下了一个迭代式的愿望：想要实现更多的愿望，因此格雷姆让世界开始无限循环。
发现自己闯祸的双子打算补救，历经数个轮回后终于再次抢占先机，但这次不仅没能终结循环，反而浪费了莉莉娅的许愿机会。
二人只能回去找观星寻求帮助，她们用传送阵召唤出来自过去舰长（本体），并加入了三国阵营之一。在希克扎尔教国通过勇者选拔，加入英雄王拜谒神祇的队伍。在耶梦加得联邦查明信使死亡的真相，打开海盗王的令谕。在煌帝国参加全国偶像海选，获得觐见圣贤王的资格。
经历两次轮回后，舰长终于察觉到一切的真相，并许愿抹除最初的愿望，成功终止了循环。观星也打算将三人送回原本的世界，但由于舰长强烈的意志，阵法又出现了问题，将舰长一分为二并先后传送到异世界，观星和双子也被卷入其中。崩坏国记到此结束。
【Part 3 奇异漂流】
率先到达的是失忆的舰长A，他重新加入圣芙蕾雅学园，和女武神们共同生活。这一切都被观星看在眼里，她被传送到一座怪岛上，并找到了能监测时空的高塔。她观察舰长原本只是想寻找回去的办法，却无意中发现舰长A似乎和记忆中的刺客先生有诸多相似之处。
两年后观星终于找到双子，并重新将二人收为部下；又预测到另一半舰长B将在一年后降临异世界。由于重启阵法需要所有人在场，观星开始策划将两位舰长带回，奇异漂流由此开始。
观星利用电视节目吼姆冲冲冲吸引女武神们前来参加，并让最终让众人被海浪冲到岛上；原本已经到达塔下的舰长B也被怪物袭击，顺着河流漂到怪岛边缘。之后舰长A穿过八重古村和沙漠地带，率先进入高塔后被双子绑架；舰长B则翻越冰原战场和火山地区，进入高塔和舰长A的队友汇合。
女武神和原住民们最终击败了双子，两位舰长成功合二为一。观星也坦白了所有的真相，再次启动传送阵法，奇异漂流到此结束。
但故事还在继续进行，三位外来者没能前往自己的世界，而是和观星一同返回三国，并传送到不同的地方：观星回到海底祭坛，萝莎莉亚掉进耶梦加得联邦的势力范围，莉莉娅则落入希克扎尔教国境内，还有最惨的舰长仍在时空裂缝中漂泊。
【Part 4 星与你消失之日】
由于观星离开国记世界长达三年，祸斗冲破遗迹封印并重创格雷姆，导致其启动自律管理模式，重新扫描过去所有许愿者的信息。而观星当时还在异世界，错过了这次扫描，所以回来后的她被格雷姆判定为世界泡的异物，开始派出灰蛇形象的执行者来抹消观星，星与你消失之日由此开始。
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