几天后，福伦在养心殿里为永琪求情，让乾隆又发了好大的脾气，直接将福伦的折子扔在了他的脸上，并怒斥福伦有结党之嫌，命福伦回家闭门思过半年，罚奉3年。虽然乾隆很想重罚，可令妃前几日刚刚失去了十四，伤心过度动了胎气，提前诞下九格格。
即便乾隆心里对令妃有些怀疑，但也不想在没证实之前就给她添堵，怎么说她也被乾隆宠了这么些年了，怎会没有感情呢？何况她还是宫中唯一能配着他怀念孝贤之人呢？永琮与和敬毕竟是小辈，乾隆很多话是无法向他们开口的。皇太后就更不行了，难道要他没事拉着母后讲孝贤同自己的恋爱史？
挥退了福伦，乾隆烦躁地在养心殿走来走去，福伦这一求情，令他不禁又想起了永琪所干的蠢事，稍稍平息的怒火顿时烧得更旺，直接命人宣旨，撤了永琪身上的贝子衔，他身上担着的职位也被一撸到底。
越想越生气，乾隆刚想让王振召永琪过来，忽然又想起了死去的永璜，他的长子，不就是因为多次被自己训斥，才年纪轻轻地抑郁而终么？再想想前几日毙了的十四永璐，乾隆叹了口气，打消了斥责永琪的念头。他活着长大的儿子太少了，有才华的儿子更少，经不起失去。
三个月后，兰馨公主出嫁，永琪终于被乾隆开赦，从南三所放了出来。因为前段时间的禁闭，永琪似乎老实了许多，除了依旧同尔康和尔泰联系频繁外，竟在上朝时主动疏远了福伦，这一举动让乾隆深感欣慰。也让永琮私下纳闷，难道关禁闭还能使人变聪明不成？
乾隆二十三年十月，兰馨刚出嫁几天，朝廷接到了回疆战场的战报，清军攻克库车后，小和卓逃到阿克苏（1）守城维吾尔族人闭门不纳，只得逃到乌什（2），同样被乌什维族人所拒，于地退保叶尔羌，大和卓则据守喀什噶尔（3）。大小和卓相约各守一城。两人互为犄角之势，抗击平叛大军。
定边将军兆惠率步骑四千余人至叶尔羌（4），三战三胜，然以兵少不能取城，即于城东隔河结黑水营自固待援。叛军万余人包围黑水营，用炮轰、水淹、偷袭等方式频繁攻击。兆惠率军坚守，伤亡甚众。
战报传来，朝中议论纷纷，派谁前往救援是个问题。朝廷同回疆一战，朝廷一边要派将领防着沙俄，一边还要派人看住西藏，莎罗奔年老，又没有儿子，底下几个侄子们为了争权也不太老实，还需有能力和经验的老将看着，方能放心。一时之间，派遣谁去救援成了问题。
永琪当即自请出战，永琮焉能让他得逞，立即出列，陈述道：“皇阿玛，儿臣认为此役事关重大，需谨慎选将增援，大小和卓虽已是强弩之末，但死前绝对会激烈反扑，稍有不慎，恐其突围而出，效法以前的准噶尔，借助沙俄之力，又再卷土重来。况京师之地离回疆遥远，从京师派兵增援时间过长，不如调遣将领，于乌鲁木齐（5）调兵增援，您看如何？”
乾隆思虑良久，命富德（6）为定边右副将军，率兵三千自乌鲁木齐驰援，与参赞舒赫德、都统阿里衮部会师，共同增援兆惠。
富德率兵自乌鲁木齐出发，到了忽尔满（今莎车东北），和叛军骑兵激战数天，终于得到胜利，渡过叶尔羌河，和参赞舒赫德、都统阿里衮部会师。
兆惠在此坚守了三个月，伤亡甚重，得知援军到了，立即督兵突围。大军会师振旅，回到阿克苏。
乾隆二十四年（1759）春，兆惠和富德各率兵分别攻喀什噶尔和叶尔羌。大军两路会师在叶尔羌城东黑水河畔击败叛军，乘胜攻取喀什噶尔和叶尔羌。大小和卓见大势已去，大掠城中财物后率部弃城难逃，越过葱岭向西面的帕米尔逃去。
兆惠率军追到伊西尔库尔淖尔，把叛军围在山岭上，一面放火烧山，一面大呼招降。投降之人不计其数地往山下跑，大小和卓手握兵刃大喊投降者斩，并斩杀了冲在前面的几人，可是漫山遍野的人都在逃命，根本无人理会他们。
到了夏天，大小和卓带着妻子、儿女以及仆人逃奔巴达克山（今阿富汗东部）。兆惠派人与巴达克当地部族交涉，随后，大小和卓被巴达克山部首领素勒坦沙抓住杀死，并把尸首送交清朝。
这场持续了两年多的回疆战役终于告捷，大军粉碎了这次叛乱，重新统一了新疆地区。自此，朝廷加强了对天山南北的统治。
叛乱平定后，兆惠以功晋封一等武毅谋勇公，返京后授御前大臣，协办大学士兼署刑部尚书。富德进封一等靖远成勇侯，赐双眼孔雀翎，官其子侍卫，授领侍卫大臣。
乾隆对回疆平定之事异常高兴，当即决定于今秋于西山围场进行围猎，所有适龄皇子，均需参加。以示庆祝和不忘祖宗基业是从马背上打下来的。
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乾隆二十四年春，在西部战事进行的正酣时，忽一夜，皇太后钮钴禄氏梦见世宗雍正，醒来后坚持要到五台山礼佛，为大清祈福，乾隆劝说无果，只好答应。
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