实际上，这也是朝廷的政策。这种政策不当之处在于，一是将台湾和生番分论，二是将日军攻打生番和攻击台湾腹地分开，并采取差别很大的对策，这就给人造成日本攻击台湾生番并不是侵略中国的印象，不利于中国依据国际法对日斗争使得以后对日谈判处于被动境地。
这种政策也显示出清政府恐惧战争的心理。当然清政府也不是束手坐待，开始购船买炮，并请洋教习教授，准备接战6月9日朝廷再接李鹤年奏，报告日军与生番接仗及派人前赴台湾与西乡从道按约理论的情况。
上谕云：“生番既居中国土地，即当一视同仁，不得谓化外游民，恝置不顾，任其惨遭荼毒。”
6月中旬，沈葆桢和潘到达台湾。一方面同西乡从道交涉，要求退兵；一方面招募兵勇，修筑炮台，加强军备。此时清政府也有了进行战争的决心。
上谕指示：“沈葆桢等务当与之极力理论，断不可任其妄为，倘该国悍然不顾，亦当示以兵威，不得稍涉迁就，致误事机。”
6月22日，潘持沈葆桢致西乡从道的照会和柳原前光的函会见西乡从道，与之反复辩论。由于日军进展并不顺利，中国战争准备越来越充分，西乡从道已有退兵之意，但心有不甘，因此露出索要兵费赔偿之意。
日军在台湾进展不利，而中国备战方殷。7月日日本政府讨论“善后策”，作出《出师之议》，决定扩大战争，并向陆海军两省下达了备战的指令。
日本立即向诸道征兵，购买兵舰，准备大战。中国也积极备战，在澎湖诸岛建造炮台，在台厦间敷设海底电缆，向德国购置毛瑟枪，向丹麦订购铁甲舰。并不断向台增兵，“一时兵勇骤增，声势颇壮。”
但双方并未放弃通过外交手段来解决问题。日本妄图通过谈判获取胜利果实。7月16日，日本政府派遣外务省四等出仕田边太一来华，向柳原前光传达政府关于对华谈判的要领和须知：“谈判之要领，在于获得偿金及让与攻取之地。”“当以此次机会，断绝琉球两属之渊源，开启朝，鲜自新之门户。”
清政府因“备未实修，未能遽战为虑”，“窃计持之日久，又恐日本兵在番界，乘暇勾结番族，转得固垒深沟，为备我之地”，也想早日解决此事。
7月24日，柳原前光偕郑永宁到天津会见李鸿章。李鸿章严词驳问，柳原前光则一味抵赖。7月30日，柳原前光到达北京，8月7日，柳原前光到总理衙门，与总署大臣会见，以后又多次会见。柳原前光“先递照会一件，则谓台湾生番，为无主野蛮，本不必问之中国。”
总署大臣“随责以台湾生番，系中国地方。”“琉球之事，应由该国王清理。”“生番隶台湾版图，应如何抚绥归化之处，中国有自主之权，应由中国自行议办。”双方相互辩驳，没有结果。
中日间的谈判没有什么进展，两国政府都有些着急。8月5日，日本天皇发布敕语，任命内阁参议兼内务卿大久保利通为全权办理大臣，来华谈判，企图打开僵局，解决中日之间的问题。
9月6日，大久保利通到达北京。从9月14日至10月23日，中日间举行了八次交涉。大久保利通一要中国承认日本进攻台湾是所谓“义举”，二要中国赔偿兵费，开口要价二百万两。
清政府只求日本退兵，而不论是非曲直，甚至“不责日本此举不是”，可以出钱，但忌讳“赔偿”二字。最后，由于大久保利通用收拾行装，作出破裂姿态，以战争相威胁；英国公使威妥玛又从中串通、哄骗、恫吓；清政府软弱害怕，一味求和，不敢开战，中日双方终于定议。
此中情形，10月31日，总理各国事务恭亲王等的奏折讲得很清楚：“十六十七等日，日本两使臣已悻悻然作登车之计。威妥玛来臣衙门，初示关切，继为恫喝之词，并谓日本所欲二百万两，数并不多，非此不能了局。……臣等权衡利害重轻，揣其情势迫切，若不稍予转机，不独日本铤而走险，事在意中，在我武备未有把握，随在堪虞，且令威妥玛无颜而去，转足坚彼之援，益我之敌。遂告以中国既允抚恤，只能实办抚恤，即使加优，数不能逾十万两。……再允将该国在番社所有修道造房等件，留为中国之用，给银四十万两，总共不得逾五十万两之数，愿否听之。威妥玛旋至该使臣寓所，议论许久，复称抚恤等费数目，日本使臣业经应允。嗣经议立结案办法三条，另立付银凭单一纸。……今则明知彼之理曲，而苦于我之备虚，……不能不姑示羁縻。”
1874年10月31日，中日两国在北京签订《北京专条》，规定：“一、日本国此次所办，原为保民义举起见，中国不指以为不是。二、前次所有遇害难民之家，中国定给抚恤银两，日本所有在该处修道、建房等件，中国愿留自用，先行议定筹补银两，别有议办之据。三、所有此事两国一切来往公，文，彼此撤回注消，永为罢论。至于该处生番，中国自宜设法妥为约束，以期永保航客不能再受凶害”。《会议凭单》详细规定了付银办法。
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