孔有德所部官兵与当地豪族不合屡有摩擦，对于士卒的乱象孔有德也是睁一只眼闭一只眼。
多有士卒冲入豪族府宅强抢物资并杀人家丁，与当地豪族家丁队摩擦甚重，正此时，登莱巡抚孙元化催促令到达吴桥，言辞颇有激烈。
孔有德一气之下，遂趁机擅动麾下将官士卒抢劫叛乱，悍然反叛。
此次叛乱突然，前线也正与后金军激战，孔有德部数千反倒是连战连胜，陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州，威名直震动登莱各府。
登莱巡抚孙元化闻之怒斥孔有德后：“急遣尚可喜、金声桓等抚定诸岛，而躬巡其地，慰商民，诛叛党，纵火焚其舟。”
在这其间，山东巡抚余大可惊慌不已，闻报后托疾数日不出，有点听之任之的态度。
不过一直这样也不是个办法，实在逼不得已了，余大可这才派遣中军参将沈廷谕、陶廷鑨率数千山东兵前往抵御孔有德部。
两军激战于阮城店，然山东兵不堪一击，当地人有言其“一战皆败而走”。
余大可闻报后觉得孔有德部强悍异常，更加惊恐万分，一下子变成了坚定的“主抚派”，此后更是极力避免交战，不断上疏朝廷封赏孔有德。
与此同时在皮岛，总兵毛文龙被袁崇焕杀后，本来历史上应是黄龙继任总兵，但平辽总兵赵率教为萧亦所救，遂前往接手其部。
辽东军与皮岛兵素来不合，赵率教率辽东军到达皮岛后毛文龙旧部已经演变成彻头彻尾的乱军，但是摄于平辽总兵赵率教的威严不得不虚与委蛇。
听闻孔有德于登莱等地起兵叛乱，毛文龙之子毛承禄与毛文龙旧将李九成、李应元等将密议后迅速起兵响应。
联合一批毛部旧兵与地方贼痞，竟一举发展为七八千人的大军，一度割据半个东江镇。
赵率教闻讯立即处置了一批叫嚣作乱的毛文龙旧部，随即在皮岛誓师出兵，率辽东军前往镇压毛承禄、李九成、李应元等将叛乱。
两军激战数日，赵率教身先士卒，所部辽东军皆狂呼酣战，奋勇当先，叛军不敌大溃，被平辽总兵赵率教歼灭于萌芽。
于崇祯五年正月的皮岛，平辽总兵赵率教斩毛文龙之子毛承禄与李九成、李应元等将。
在平辽总兵赵率教的雷霆措施之下，皮岛兵叛乱被镇压下去，登莱、皮岛各地形势正一度好转之时。
与孔有德交好的东江镇旅顺副将陈有时忽然起兵响应，两方南北相呼应，辽东军腹背受敌，朝中无任何消息传来，一度不知如何是好。
登莱各府正糜烂之时，朝堂之上却对登莱巡抚孙元化的责任争议不休。
广东道御史宋贤上疏抨击巡抚余大成与孙元化：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞于江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”
广西道试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德：“卸罪于波涛，借词于风汛”，朝中布满指责孙元化之官员。
叛军逼近登州，孙元化急令总兵官张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大率本部援辽浙军抗击，以两路成合击之势。
但张焘与孔有德是旧识，接战后其部兵士随即投入孔有德叛军，而张可大部内乱突起自是大败。
与孔有德是旧交的登州将官耿仲明、陈光福等人立即举火为应，率本部兵开门相迎，叛军遂冲入登州城，大肆抢杀军民。
总兵张可大斩杀其妾陈氏后上吊自尽，孙元化自杀未成，被叛军俘获，终不一食，厉声斥骂孔有德。
……
朝中的东林分子应还不知道登州已失，在弹劾孙元化与余大成之余居然还心存侥幸，主张招抚叛军。
时至今日，朝中仍是举棋不定。
萧亦看过邸报后已是冷笑不止，如今放任山东糜烂局面之举，与朝中此种内斗不无关联。
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